发酵培养基是供菌种生长、繁殖和合成产物之用。它既要使种子接种后能迅速生长，达到一定的菌丝浓度，食用菌种植技术，又要使长好的菌体能迅速合成需产物。因此，要求发酵培养基的组成应丰富、完全，碳、氮源要注意互相搭配，多加迟效营养;还要考虑适当的碳氮比，加缓冲剂稳定pH值;并且还要有菌体生长所需的生长因子和产物合成所需要的元素、前体和促进剂等。除有菌体生长所必需的元素和化合物外，还要有产物所需的特定元素、前体和促进剂等。但若因生长和生物合成产物需要的总的碳源、氮源、磷源等的浓度太高，或生长和合成两阶段各需的条件要求不同时，液体菌种，则可考虑培养基用分批补料来加以满足
在固体培养基上霉菌的菌丝分化为营养菌丝和气生菌丝。营养菌丝深入到培养基内吸收养料，云南菌种，气生菌丝向空中生长，有些气生菌丝发育到一定阶段分化成繁殖菌丝，产生孢子。折叠营养菌丝营养菌丝，又称基内菌丝(substrate mycelium)、基质菌丝、一级菌丝，主要功能是吸收营养物质，羊肚菌种植，有的可产生不同的色素，是菌种鉴定的重要依据。折叠气生菌丝气生菌丝(二级菌丝)是指从基质伸向空气中的菌丝体。菌类的菌丝体多是匍匐在基质上，或是贯通基质而伸长的，为了孢子的形成而生长气生菌丝。在一定条件下，水生菌类也可以生长气生菌丝。
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