代理理论则将信息经济学方法用于单人决策的情形发展到用于多人决策的情形，将会计信息视为委托人、代理人之间订约的基础；将企业不再视为单一的组织机构，转而认同与企业签约的代理人有不同利益、信息和理念。管理会计信息系统通过提供信号（如实际后果、不同状态发生的可能性、代理人的行动和努力程度）服务于委托人和代理人。但目前代理理论还只能应用于相当简单的组织环境（由于计算均衡结果的复杂和困难），其代理人不愿劳动和不努力的假设，至少对经理人而言是不公正的，因为经理人并非厌恶劳动或更愿意损害企业利益财务咨询代理，这种静态技术的假设忽略了知识和革新对企业价值增值的作用。
与代理理论平行发展的是交易成本理论。交易成本理论不同于代理理论的是其不总是借助正式合约来分析所有交易，认为企业是为了应付复杂的、不确定的环境而建立的合作组织，交易改在企业内部完成并由管理过程控制财务咨询管理，可以弥补具有一定成本和效率损失的市场交易的局限。交易成本理论应用的缺陷在于交易成本环境难于准确定义，仅以有限方式在实际组织中进行了检验，多数结论缺乏缜密的分析，管理会计中心问题即分权经营单位的业绩评价的手段没有得到相应的发展。
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