藻蓝蛋白在海藻细胞中是一种捕光天线，捕捉的光能传递给叶绿素。所以它可促进植物进行光合作用，同时由于光能对藻蓝蛋白产生光动力光激发而发生光敏反应，使产品具有抗病毒抗菌作用。
光动力疗法是一种新型的肿瘤治疗方法，它是用特定的光源特定的波长光对人体进行照射，一般选择具有穿透性强的波长，藻蓝分子在体内容易和肿瘤细胞结合，并受光激发，可发生光敏反应，产生三线态氧杀伤肿瘤细胞。藻蓝相对于化学光敏剂安全性好，毒副作用小。
藻蓝蛋白是螺旋藻中仅有的蓝色蛋白，自然界中非常稀缺，是螺旋藻最主要的功能性成分，含量低，原料贵，为了保证蛋白质的活性，提取工艺相对复杂，提取周期相对漫长。
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